Incluye el Parque Nacional de la Sierra de Guadarrama, la Reserva de la Biosfera de la Sierra del Rincón y los LIC de las Cuencas de los ríos Jarama y Lozoya. El Alto Lozoya, el Parque Nacional de la Sierra de Guadarrama y su zona periférica están catalogados como ZEPA.

La Comarca alterna una gran variedad de ecosistemas como son la alta montaña con picos por encima de los 2000 metros, donde encontramos pastizales de altura, piornales y enebrales rastreros, prados húmedos y cervunales. Según bajamos, encontramos grandes masas de pino silvestre, seguidos de robledales centenarios y encinares. Además de singulares manchas de abedul, haya, tejo o acebo. También ecosistemas acuáticos como los 5 embalses que alberga la comarca, el nacimiento de los ríos más importantes de la Comunidad de Madrid o las lagunas de origen glaciar de Peñalara, declaradas sitio RAMSAR bajo el nombre de Humedales del Macizo de Peñalara.