Considerada una de las construcciones más valiosas del patrimonio medieval madrileño, se desconoce la fecha exacta de su fundación. Aunque su estilo Románico apunta a los Siglos XI y XII, la aparición en sus cercanías de una pequeña necrópolis revelaría un origen vidigodo.

Tradicionalmente, se ha considerado que el Monasterio fue promovido por el rey Alfonso VI en el diglo XI y ocupado por la “Orden de la regla de San Benito”. En 1404, los Franciscanos tomaron las riendas del monasterio – bajo la advocación de San Antonio Abad- hasta que, tras la Invasión Napoleónica, los franceses lo convirtieron en cuartel militar. Con la Desamortización de Mendizábal en 1835, fue comprado por los descendientes del pintor Francisco de Goya. Posteriormente perteneció al médico Jiménez Díaz y tras su muerte en los años sesenta, volvió a manos franciscanas. Tras su restauración en 2004, pertenece a los misioneros Identes.

En este tiempo sus muros han albergado personajes ilustres como los Mendoza, el Marqués de Santillana o el Cardenal Cisneros.